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A causa di un eccessivo incremento demografico della popolazione mondiale, gli esseri umani hanno iniziato a trasferirsi nello spazio. Nel 79° anno di questa era, in una zona invasa da detriti e tormentata da scariche elettriche, infuria la battaglia tra il Principato di Zeon e le forze della Federazione per il controllo del territorio... È trascorso oltre un anno dalla furiosa battaglia avvenuta nel Settore Thunderbolt durante la Guerra di un Anno dello 0079. Lo pilota l'Atlas Gundam, un nuovo modello di mobile suit, come membro dell'Operazione Thunderbolt volta a reprimere l'Alleanza dei Mari del Sud, la setta religiosa entrata in possesso dello Psycho Zaku. Daryl è entrato a far parte dell'Alleanza tradendo Zeon, allo scopo di far tornare come prima la professoressa Kara, regredita a uno stadio infantile, nonché di pilotare di nuovo lo Psycho Zaku. Ora il destino dei due piloti si incrocia di nuovo sulla Terra, nella Base del Vulcano Taal in cui l'Alleanza dei Mari del Sud produce in massa gli Psycho Zaku...
