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Nel 1866 il destino di Venezia e della Terraferma è messo alla prova da nuove e decisive sfide, soprattutto dall'aspro confronto con l'Impero asburgico. Le vicende militari della terza guerra d'indipendenza si riflettono, necessariamente, anche sull'Università di Padova, che tanto prestigio culturale aveva accumulato nel corso dei secoli. Sino ad allora l'Ateneo era impegnato a formare sudditi leali e burocrati diligenti, così come era stato deciso a Vienna - all'indomani della Restaurazione - per tutte le istituzioni imperiali. A partire dal 17 luglio 1866 si insedia a Padova il commissario straordinario Gioacchino Pepoli, il quale, in virtù del potere conferitogli dal reale decreto organico del 18 luglio, avvia una vigorosa riforma. Il passaggio dall'ultima dominazione asburgica all'Italia monarchica di Vittorio Emanuele II rappresenta un evento di grande rilievo per la cultura accademica e la definizione del ruolo dei docenti. Pepoli procede con determinazione anche nei confronti dei dipendenti dell'Ateneo, sostituendo oltre una dozzina di insegnanti compromessi con il passato governo viennese, nominando o riconfermando nei vari ruoli uomini liberali-moderati e provvedendo a reintegrare quanti erano stati destituiti da Vienna per motivazioni politiche, per «sentimenti di italianità» dichiarati e vissuti. Sempre in questo contesto sono analizzate anche altre questioni, quali le sedimentazioni legislative, i rapporti tra Università e amministrazione locale, il censimento dei docenti, i libri dei conti.
