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I volumi in cui si articola la seconda parte della Storia dell'Università di Pisa abbracciano l'arco temporale compreso tra l'arrivo dei Lorena in Toscana e l'Unità d'Italia; una lunga fase durante la quale l'istituzione accademica ebbe un posto di rilievo, per quanto in realtà non decisivo, nel progetto riformatore leopoldino, conoscendo poi una fertile stagione di trasformazioni negli anni napoleonici ed una vivace partecipazione culturale e civile al processo di Risorgimento nazionale. Nel primo volume è contenuta la ricostruzione del quadro istituzionale. Il secondo volume si occupa delle varie discipline. Il terzo volume completa il quadro disciplinare e contiene saggi su specifici aspetti dell'istituzione universitaria.
