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Almeno dalla metà del XII secolo nei pressi di luoghi di culto nei Sassi di Matera dedicati alle martiri Lucia e Agata si raccolsero alcune donne ispirate dal desiderio di condurre vita religiosa, tra le quali emerse nel 1208 la figura dell'influente Mattia di Partinico, che, dopo aver riccamente dotato la comunità, ne divenne badessa. È molto probabile che la donna e la chiesa da lei prescelta avessero un legame ancora vivo con la famiglia dell'ammiraglio Maione di Bari, ucciso nel 1160. La comunità così consolidata, di ispirazione benedettina, utilizzò parte delle grotte e dei luoghi di culto disposti tra l'area di Casalnuovo, ove era la chiesa di S. Lucia alle Malve, e l'estremità della Civita, sino a trovare nel corso del XIV secolo una più acconcia sistemazione negli edifici ancora esistenti sul ciglio della gravina al termine dello sperone della Civita. Nel XVIII secolo con grande caparbietà le monache ottennero il trasferimento sul Piano, negli edifici che attualmente ospitano la sede materana dell'Istituto Centrale di Restauro.
