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Sul finire del Seicento l'Inghilterra attraversava forse il suo periodo più confuso e sanguinoso: le lotte fra papisti e puritani dilaniavano il paese fin nelle più alte cariche dello Stato. In questo clima di terrore e diffidenza, quando lo scontro fra la pluralità delle confessioni post-riformiste era all'ordine del giorno e il re cattolico Giacomo II imponeva la sua religione negli uffici pubblici, nell'esercito e nella flotta, si innesta e si sviluppa la riflessione di Locke attorno alla tolleranza. Come nelle leggi della fisica, che proprio allora muoveva i suoi pruni passi in Inghilterra, tanta violenza civile contribuì a innescare nel pensiero del filosofo una reazione uguale e contraria. Per Locke, infatti, non bisogna limitarsi ad applicare la tolleranza in ambito religioso e morale, ma anzi considerarla soprattutto un concetto politico, una soluzione storica: la storia della tolleranza è prima di tutto la storia della definizione del rapporto fra Stato e Chiese. Se la religione cattolica ha immediate ricadute sul comportamento civile dei suoi fedeli, la tolleranza assume invece le caratteristiche di un efficace metodo di governo, un mezzo attraverso cui perseguire la sicurezza dello Stato e la prosperità della società. Locke si batté per la tolleranza religiosa per oltre quarant'anni, dal 1667 fino alla sua morte. I suoi scritti furono di immediata ispirazione per l'evoluzione del dibattito europeo, in quegli stessi anni ma non solo: ben presto il continente avrebbe conosciuto il secolo dei lumi.
