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Un'introduzione alla filosofia della scienza per non addetti ai lavori, un libro scritto da un non-filosofo per un pubblico composto da non-scienziati. Il libro cerca di definire il significato e i limiti delle teorie e dei modelli utilizzati nelle scienze sperimentali, dalle scienze dure, come la fisica e la chimica, fino alle scienze della vita. Si concentra soprattutto sulla metodologia usata nella scienza e cerca di convincere il lettore della validità inter-soggettiva, seppur nell'ambito dei fenomeni, dei risultati della ricerca scientifica, e anche dei suoi limiti. La Sofia del titolo è forse quella dei greci, mentre la mela non sappiamo se sia il frutto che viene offerto a Eva dal serpente, o la mela caduta sulla testa di Newton e che si narra gli abbia ispirato il concetto di forza di gravità. O si tratta forse di una mela OGM, il cui DNA è stato modificato con tecniche di ingegneria genetica?