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Quando cinque anni fa il Joker mise in atto un piano diabolico per torturare Superman facendogli inconsapevolmente uccidere Lois lane e il bambino che lei portava in grembo e scatenando una reazione a catena che distrusse l'intera città di Metropolis, il corso degli eventi venne drasticamente alterato. Da quel giorno, infatti, Kal-El intraprese un percorso che cominciò con l'uccisione a sangue freddo del Joker e che nel corso degli anni lo ha portato a diventare il leader supremo di un vero e proprio regime mondiale, in cui gli eroi sopprimono il crimine con il pugno di ferro, in cui i governi mondiali sono di fatto stati sostituiti dal controllo della Justice League. Alcuni supercriminali, per evitare di essere preventivamente incarcerati, hanno accettato di collaborare con gli eroi, occupandosi di rintracciare e catturare i membri della Resistenza, guidata da Batman e che si oppone a questo regime. Per poter sconfiggere l'Uomo d'Acciaio grazie a della kryptonite tenuta sotto chiave, Bruce Wayne ha però bisogno dell'aiuto della Justice League di una Terra parallela in cui il Joker non ha ancora messo in atto il suo folle piano. Inizia così la trama del videogame della NetherRealm Studios, raccontata adesso per la prima volta dal punto di vista della squinternata Harley Quinn, la quale aiuta la Resistenza a modo suo con una squadra che si ispira al Joker, anche lui trasportato in questa realtà. In appendice nell'universo postapocalittico del Gotham City Garage, Lex Luthor, despota dell'unica città rimasta in piedi, si prepara ad attaccare i superstiti che si nascondono nell'officina della Freescape.