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Il contrasto con la Chiesa interessò nel XIX secolo le élites di tutte le repubbliche latinoamericane, assumendo il significato di una lotta tra modernità e ancien régime. Fu l'epoca della Riforma, programma di secolarizzazione attuato con vigore, a volte dopo guerre sanguinose, per ridimensionare lo spazio e l'influenza della Chiesa. In Messico il processo presentò caratteri originali. Infatti la sconfitta dei conservatori, alleati della Chiesa, segnò anche la loro definitiva espulsione dalla politica. Tuttavia, la pregiudiziale anticattolica fu notevolmente attenuata durante il regime di Porfirio Diaz (1877-1911), che permise alla Chiesa di riorganizzarsi e di esercitare nuovamente la sua influenza sulla popolazione.
