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La metafisica di tradizione aristotelica e scolastica, lungo il corso del XVI secolo, ha vissuto un periodo di grande approfondimento. In questo lasso di tempo gli autori di quella che poi sarebbe stata definita "Seconda Scolastica" avanzarono soluzioni nuove, seppure presentate come tradizionali, alle questioni che nei secoli precedenti avevano costituito l'impalcatura dell'intero aristotelismo. In particolare, fu il tentativo dei primi Dottori della Compagnia di Gesù di rendere "moderna", e quindi adeguata ai tempi, la tradizione aristotelica, quello che nei secoli a seguire avrebbe manifestato maggiore pervasività. All'alba della storia dell'Ordine Toledo, Perera e Fonseca con i commenti alle opere dello Stagirita, ma anche con l'organizzazione di un nuovo metodo di docenza e con la stesura di veri e propri manuali di studio, diedero vita ad un vero e proprio paradigma che avrebbe coinvolto tutte le espressioni culturali possibili dalla letteratura, all'arte fino al teatro.