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Arrestato la Domenica delle Palme del 1498, in una notte di guerriglia urbana, Girolamo Savonarola è in prigione. È terminato da pochi giorni il processo civile contro di lui a cura della Repubblica fiorentina e sono in corso, a sua insaputa, delicate trattative con il papa Alessandro VI Borgia, uno dei bersagli preferiti della sua infuocata predicazione, per un'eventuale inquisizione, o un trasporto del prigioniero a Roma. Tra solitudine nel presente e incertezze circa il futuro, senza libri (né Bibbia, né breviario) e senza l'uditorio di nobili e plebe che riusciva a eccitare i suoi fuochi profetici, egli scrive questo Commento al salmo 50, destinandolo alla stampa. Vi mette effusione lirica, preghiera, ardente richiesta a Dio perché venga a liberarlo da ristrettezze e impedimenti, perdonando i suoi peccati; effettua così il riconoscimento della propria miseria, che eleva fino a renderla figura della più ampia miseria di ogni uomo peccatore e a sciogliere un canto di lode, anche se nell'angustia, al Dio che salva e perdona.